P99 jest bezkurkowym pistoletem automatycznym, ze szkieletem wykonanym z polimerów. Masa broni z pustym magazynkiem wynosi jedynie 710 g.

Wymiary: długość 180, wysokość 135, grubość 29 mm
długość lufy 102 mm Sylwetka broni jest zwarta i gładka. Jedynymi elementami wystającymi po za obrys szkieletu są przyrządy celownicze.

Bezpieczeństwo zapewnia konstrukcja mechanizmu spustowego. Pistolet nie ma żadnego zewnętrznego bezpiecznika. Posiada kilka bezpieczników wewnetrznych uniemożliwiających oddanieprzypadkowego strzału.

Jako jedno z zabezpieczeń przed przypadkowym wystrzałem w P99 wykorzystano blokadę iglicy. Nowością zastosowaną w P99 po raz pierwszy jest tzw. antystresowy mechanizm spustowy, który wyklucza przypadkowy strzał wywołany skurczem mięśni strzelca działającego w stresie wywołanym sytuacją zagrożenia. Działający w stresie człowiek może nieświadomie ściągnąć spust nawet do 8 mm. W P99 wydłużono drogę spustu przez wprowadzenie dodatkowego zabezpieczenia umieszczonego w spuście. Zabezpieczenie działa na drodze 9 mm i wymaga nacisku siły około 20 N. Łączna droga spustu, od przedniego położenia spoczynkowego do momentu zwolnienia iglicy wynosi około 14 mm.

Mechanizm spustowy P99 umożliwia szybkie oddanie kolejnych strzałów. Po zniesieniu blokady antystresowej, do oddania kolejnego strzału wystarcza pięciomilimetrowy skok spustu.

Pod względem ergonomii konstrukcja broni zasługuje na najwyższe uznanie. W komplecie broni znajduje się kilk anakładek grzbietu chwytu o różnej grubości i profilu. W ciągu kilku sekund kształt chwytu może być dostosowany do potrzeb każdego użytkownika.

Pistolet może być wyposażany w różne akcesoria, jak moduły celownicze montowane na szkielecie broni przed kabłąkiem spustu, zawierające laserowe wskaźniki celu lub silne latarki czy tłumiki dźwięku nakładane na wylot lufy.